"Aus Rohdaten Informationen gewinnen"

Lightsheet Z.1

Registrierte & fusionierte Bilder von einem Oktopus

Mit einem ZEISS Lightsheet Z.1 von Carl Zeiss microscopy GmbH wurde ein Oktopus von einem Wissenschaftlerteam am Okinawa Institute of Science and Technology aus verschiedenen Blickwinkeln und mit verschiedenen Beleuchtungsrichtungen aufgenommen. Diese acht Bilddaten (ca. 30 GB) wurden von da-cons registriert und fusioniert. Weiterhin wurde diese Probe 3D ausgedruckt und als "Oskar" getauft.

Beispiel:  "Oskar", unser Oktopus in 3D, ist aus Bildern, die aus verschiedenen Perspektiven aufgenommen worden sind, entstanden.


Octopus bimaculoides (1 month old) , Alexa 546 phalloidin (actin/muscle), ToPro3-Alexa 642(DNA) , Acquired one a Lightsheet Z.1 Light Sheet Fluorescence Microscope by ZEISS ;  Views: 4 , Dual Side Illumination , Multiview registration and fusion  ;  Data by Eric Edsinger & Daniel S. Rokhsar, Okinawa Institute of Science and Technology.

 

Registrierte & fusionierte Bilder von einem Zebrafish

Mit einem ZEISS Lightsheet Z.1 von Carl Zeiss microscopy GmbH wurde ein Zebrafish von einem Wissenschaftlerteam am MPI-CBG aus vier verschiedenen Blickwinkeln und mit unterschiedlichen Beleuchtungsrichtungen aufgenommen.

Um die Registrierung, also das automatische "Übereinanderlegen", dieser Bilddaten zu erleichtern, werden heutzutage künstliche Perlen (beads) beigefügt. Dies behindert natürlich den Ablauf der Probenpräparation, Bildaufnahme und Bildanalyse. da-cons ist es hingegen gelungen OHNE künstliche Perlen die Registrierung vorzunehmen. Folglich wären Experimente und Aufnahmen mittels ZEISS Lightsheet Z.1 ohne beads und mit den Verfahren von da-cons denkbar.

Beispiel:  Im folgenden Bild sind 2D-Slices aus zwei unterschiedlichen & registrierten Datensätzen sowie der daraufhin folgenden Datenfusion gegenübergestellt. Grün umzeichnet sind relativ scharfe Bereich und rot umzeichnet sind unscharfe Bereiche. Das Endergebnis ist somit i.A. schärfer als alle ursprünglichen einzelnen Bilder.

Zebrafish Embryo, 3 to 4 days old, HIS-RFP labels nuclei,  ath5-gfp labels a transcription factor that has a role in regulating neurogenesis in the retina,  Acquired on a Lightsheet Z.1 by Carl Zeiss  Sample courtesy of Karen Norden / Jaroslav Icha, MPI